Taksonomija ima svoje podrijetlo u grčkoj riječi koja znači "ordination" . To je znanost o klasifikaciji koja se primjenjuje u biologiji za sustavnu i hijerarhijsku organizaciju životinjskih i biljnih skupina .
Konkretno, možemo odrediti da je taksonomija podijeljena na dvije: mikrotaksonomija, koja je odgovorna za razgraničavanje i opisivanje određenih vrsta; i makrotaksonomija, koja je klasificirana na temelju kriterija koje je odobrila prethodna grana.
Također je važno utvrditi da je taksonomija u velikoj mjeri povezana s onim što je poznato kao sistematika. To se može definirati kao znanost koja je odgovorna za proučavanje odnosa srodstva, koji se također nazivaju afinitetima, koji se javljaju između različitih vrsta.
Sve to bez previda bliske veze koja postoji između taksonomije i drugih znanosti ili pitanja kao što su evolucija, paleontologija, genetika, molekularna biologija, filogenija ili embriologija.
Biološka taksonomija je dio sustavne biologije, posvećena analizi srodničkih odnosa između organizama. Jednom kada se riješi filogenetsko stablo dotičnog organizma i znaju njegove evolucijske grane, taksonomija je zadužena za proučavanje rodbinskih odnosa.
Uz sve to, valja naglasiti da je pri radu s taksonomijom, njegovim razvojem i primjenom u praksi od vitalnog značaja imati jasne različite pojmove koji su u njemu temeljni. To bi bio slučaj sa sljedećim:
Znak, koji se odnosi na karakteristike biljke, na primjer.
Stanje karaktera, odnosno vrijednosti koje lik može steći.
Dijagnostički znakovi su oni koji se jasno koriste za nastavak razlikovanja taksona.
Izvedeni znakovi. Identificirani su kao dinamični tipovi i zato što mogu pružiti informacije o pojavljivanju novih linija. Sve to mogu učiniti oni koji su države koje mogu imati karakter na drugačiji način od svog pretka, budući da su modificirane.
Postoje različita stajališta o taksonomiji, iako se općenito smatra da njezina funkcija počinje kada je filogenija taksona već definirana. Zato taksonomija organizira filogenetsko stablo unutar klasifikacijskog sustava .
Najrasprostranjenije shvaćanje taksonomske pojave shvaća kao klade (grane filogenetskog stabla, s vrstama koje se odnose na zajedničkog pretka) koje su već bile dodijeljene taksonomskoj kategoriji.
Postupak taksonomije nastavlja se dodjeljivanjem imena (prema načelima nomenklature), razradom dihotomnih identifikacijskih ključeva i stvaranjem klasifikacijskih sustava.
Taksoni dopuštaju klasificiranje živih bića iz hijerarhije inkluzije (svaka skupina uključuje i druge maloljetnike dok je podređena većoj). Temeljne kategorije, od najopsežnijih do najmanjih, su domena, kraljevstvo, rub ili podjela, klasa, red, obitelj, rod i vrsta .
Treba napomenuti da napredak u znanju o DNK i problemima biološke raznolikosti predstavljaju veliki izazov za taksonomiju.